Efectele secundare ale criochirurgiei au tendinţa de a fi mai severe dacă această procedură este aplicată bărbaţilor care au fost deja supuşi radioterapiei, spre deosebire de bărbaţii pentru care aceasta a fost prima formă de tratament.
Majoritatea bărbaţilor observă sânge în urină o zi sau două după procedură, precum şi o durere surdă în locul de introducere a acelor. Umflarea penisului sau a scrotului sunt de asemenea comune. Îngheţarea poate de asemenea afecta vezica şi intestinele, cauzând durere, senzaţii de arsură şi nevoia de a goli vezica şi intestinele mai des. Majoritatea bărbaţilor redobândesc funcţionarea normală a intestinelor şi vezicii în timp.

Impotența și incontinența urinară

Îngheţarea dăunează nervilor din apropierea prostatei şi cauzează impotenţă pentru 4 din 5 bărbaţi care au fost supuşi criochirurgiei. Disfuncţiile erectile sunt mai des întâlnite după criochirurgie decât după prostatectomia radical.
Incontinenţa urinară este rară la bărbaţii care au trecut prin criochirurgie ca şi prim tratament pentru cancerul de prostată, dar este mai des întâlnită la bărbaţii care au avut deja radioterapie.
După criochirurgie, mai puţin de 1% dintre bărbaţi dezvoltă fistulă (o conexiune anormală) între rect şi vezică. Această problemă rară, dar serioasă, poate permite urinei să se scurgă în rect şi necesită deseori o intervenţie chirurgicală reparatorie.